转载S9200WK服务器VASP及Gromacs进行了几项专业测试
英特尔®服务器系统S9200WK产品家族是专用于性能优化的专用数据中心模块，非常适合在高性能计算（HPC）和人工智能应用中使用。
英特尔®服务器系统S9200WK产品系列专为第二代英特尔®至强®铂金9200处理器而设计，每个计算模块最多具有24个DDR4 DIMM插槽，可最大程度地提高处理器和内存带宽，从而为要求最苛刻的计算使用提供领先的性能。
近日，根据某大学测试要求，连众技术小组运用分子动力学领域的顶尖模拟软件VASP及Gromacs进行了几项专业测试，用试验数据来检验S9200WK服务器的性能。从中得到了一些真实的试验数据供大家参考。
用于性能对比的部分测试服务器配置：
| 配置一：S9200WK服务器（Xeon 9242） | 配置二：基于 EPYC 7542 的服务器 | 配置三：基于 Xeon 8280L 的服务器 |
CPU: INTEL Xeon Platinum 9242 *2 核心: 96 三级缓存 143MB 基频: 2.20GHz 内存: 384G(16G*12*2) DDR4-2933 | CPU: AMD EPYC 7542 *2 核心: 64 三级缓存: 256MB 基频: 2.9GHz 内存: 512G(32G*8*2) DDR4-3200 | CPU: INTEL Platinum 8280L *4 核心: 112 三级缓存: 154MB 基频: 2.70GHz 内存: 384G(16G*6*4) DDR4-2933 |
VASP模拟测试
注：VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。
它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
测试项目：32个水分子的静态结构自洽计算
软件版本：VASP 5.4.4 （关键参数：NPAR=4 编译器：INTEL 2018编译优化二进制版）
测试设施：LZ高性能计算实验室
测试者：LZ技术小组
测试结果：
Node*CPU*Solt | Core | Time/s↓ | Compare |
1* AMD Zen2 7542 *2 | 64 | 888 | 100% |
1* INTEL 9242 *2 | 96 | 466 | 191% |
1* INTEL 8280L *4 | 112 | 472 | 188% |
1* INTEL 2680v3 *2 | 24 | 2884 | 31% |
2* INTEL 2680v3 *2 (FDR) | 48 | 1549 | 57% |
3* INTEL 2680v3 *2 (FDR) | 72 | 1313 | 68% |
1* INTEL 6148 *2 | 40 | 1716 | 52% |
1* INTEL 6248 *2 | 40 | 990 | 90% |
测试项目：RuO2（110）切面模型优化
软件版本：VASP 5.4.4（关键参数：NPAR=4 编译器：INTEL 2018编译优化二进制版）
测试设施：LZ高性能计算实验室
测试者：LZ技术小组
测试结果：
Node*CPU*Solt | Core | Time/s↓ | Compare |
1* AMD Zen2 7542 *2 | 64 | 1046 | 100% |
1* INTEL 9242 *2 | 96 | 504 | 208% |
1* INTEL 8280L *4 | 112 | 496 | 211% |
1* INTEL 2680v3 *2 | 24 | 3080 | 40% |
2* INTEL 2680v3 *2 (FDR) | 48 | 1553 | 67% |
3* INTEL 2680v3 *2 (FDR) | 72 | 1188 | 88% |
1* INTEL 6148 *2 | 40 | 1462 | 72% |
1* INTEL 6248 *2 | 40 | 1023 | 102% |
测试项目：高分辨率数值模拟 （3km分辨率，1081*721*50网格数）
软件版本：VASP 4.1.1（编译器：INTEL 2018编译优化二进制版）
测试设施：LZ高性能计算实验室
测试者：LZ技术小组
测试结果：
Node*CPU*Solt | Core | Time/s↓ | Compare |
1* AMD Zen2 7542 *2 | 64 | 2.9 | 100% |
1* INTEL 9242 *2 | 96 | 2.2 | 132% |
1* INTEL 2680v4 *2 | 28 | 8.9 | 33% |
15* INTEL 2680v3 *2 | 360 | 1.2 | 158% |
20* INTEL 2690v2 *2 | 400 | 0.75 | 387% |
Gromacs模拟测试
注：GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。
测试项目：碳纳米管与细胞膜相互作用 (150544个原子)
软件版本：Gromacs 2016.6（编译器：INTEL 2018编译优化二进制版）
测试设施：LZ高性能计算实验室
测试者：LZ技术小组
测试结果：
Node*CPU*Solt | Core | AVX | ns/day↑ | Compare |
1* AMD Zen2 7542 *2 | 64 | AVX2 | 28.82 | 100% |
1* INTEL 9242 *2 | 96 | AVX2 | 39.41 | 137% |
4* INTEL 2680v3 *2 (FDR) | 96 | AVX2 | 26.80 | 93% |
1* INTEL 6140 *4 | 72 | AVX2 | 19.13 | 66% |
1* INTEL 6248 *2 | 40 | AVX512 | 11.94 | 41% |
2* INTEL 6248 *2 (OPA) | 80 | AVX2 | 16.26 | 56% |
2* INTEL 6248 *2 (OPA) | 80 | AVX512 | 17.77 | 62% |
4* INTEL 6248 *2 (OPA) | 160 | AVX512 | 39.14 | 136% |
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