分子模拟

最新VMD工作站硬件推荐 分子动力模拟可视化与分析软件VMD

2022-04-24 00:22:02 gx 8

VMD 是一个开源的分子可视化程序,

专为建模,可视化和分析生物系统(例如蛋白质,核酸,脂质双层组件等)而设计

VMD.png
 

VMD主要应用

分子动力模拟MD(例如NAMD,GROMACS,AMBER等)的图形前端,

读取标准蛋白质数据库(.pdb)文件以查看更多常规分子并显示所包含的结构,

查看和分析分子动力学模拟结果。


全原子细胞规模建模
Cryo-EM低温冷冻电镜密度图像分割
多序列数据比对,

这是一个统一的生物信息学分析环境,

可用于组织,

显示和分析蛋白质和核酸的序列和结构数据
量子化学计算(例如VASP,)的图形前端


VMD计算特点


通常在桌面图形环境中以交互方式使用,

也可在工作站(或单一集群节点),

并通过使用消息传递接口 (MPI) 在分布式内存集群和超级计算机上并行执行非交互式(批处理模式)分析计算和可视化任务


  • CPU 支持多核处理器


  • 显卡 基于nvidia Quardro RTX架构性能提升显著,可多卡加速,显存容量16GB以上,VMD1.9.4支持RT核渲染
    vmd-RTX.png


  • VMD能够将显示的图形导出到可以由许多流行的光线跟踪和图像渲染包处理的文件,

  • 包括POV-Ray(CPU),Rayshade,Raster3D和Tachyon(GPU)。


  • VMD支持3-D投影设备,VR设备支持、立体显示能力,支持所有主要的计算机平台


解决方案