测试数据

转载S9200WK服务器VASP及Gromacs进行了几项专业测试

2020-09-24 22:03:11 NJTST 593

英特尔®服务器系统S9200WK产品家族是专用于性能优化的专用数据中心模块,非常适合在高性能计算(HPC)和人工智能应用中使用。

英特尔®服务器系统S9200WK产品系列专为第二代英特尔®至强®铂金9200处理器而设计,每个计算模块最多具有24个DDR4 DIMM插槽,可最大程度地提高处理器和内存带宽,从而为要求最苛刻的计算使用提供领先的性能。 


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近日,根据某大学测试要求,连众技术小组运用分子动力学领域的顶尖模拟软件VASP及Gromacs进行了几项专业测试,用试验数据来检验S9200WK服务器的性能。从中得到了一些真实的试验数据供大家参考。


用于性能对比的部分测试服务器配置:

配置一:S9200WK服务器(Xeon 9242)配置二:基于 EPYC 7542 的服务器配置三:基于 Xeon 8280L 的服务器

CPU: INTEL Xeon Platinum 9242 *2

核心: 96

三级缓存 143MB

基频: 2.20GHz

内存: 384G(16G*12*2) DDR4-2933

CPU: AMD EPYC 7542 *2

核心: 64

三级缓存: 256MB

基频: 2.9GHz

内存: 512G(32G*8*2) DDR4-3200

CPU: INTEL Platinum 8280L *4

核心: 112

三级缓存: 154MB

基频: 2.70GHz

内存: 384G(16G*6*4) DDR4-2933



VASP模拟测试



注:VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。


测试项目:32个水分子的静态结构自洽计算


软件版本:VASP 5.4.4 (关键参数:NPAR=4   编译器:INTEL 2018编译优化二进制版)  

测试设施:LZ高性能计算实验室       

测试者:LZ技术小组




测试结果:

Node*CPU*Solt

Core

Time/s↓

Compare

1* AMD Zen2 7542 *2

64

888

100%

1* INTEL 9242 *2

96

466

191%

1* INTEL 8280L *4

112

472

188%

1* INTEL 2680v3 *2

24

2884

31%

2* INTEL 2680v3 *2 (FDR)

48

1549

57%

3* INTEL 2680v3 *2 (FDR)

72

1313

68%

1* INTEL 6148 *2

40

1716

52%

1* INTEL 6248 *2

40

990

90%



测试项目:RuO2(110)切面模型优化

软件版本:VASP 5.4.4(关键参数:NPAR=4   编译器:INTEL 2018编译优化二进制版)  

测试设施:LZ高性能计算实验室       

测试者:LZ技术小组

测试结果:

Node*CPU*Solt

Core

Time/s↓

Compare

1* AMD Zen2 7542 *2

64

1046

100%

1* INTEL 9242 *2

96

504

208%

1* INTEL 8280L *4

112

496

211%

1* INTEL 2680v3 *2

24

3080

40%

2* INTEL 2680v3 *2 (FDR)

48

1553

67%

3* INTEL 2680v3 *2 (FDR)

72

1188

88%

1* INTEL 6148 *2

40

1462

72%

1* INTEL 6248 *2

40

1023

102%



测试项目:高分辨率数值模拟 (3km分辨率,1081*721*50网格数)


软件版本:VASP 4.1.1(编译器:INTEL 2018编译优化二进制版)  

测试设施:LZ高性能计算实验室       

测试者:LZ技术小组

测试结果:

Node*CPU*Solt

Core

Time/s↓

Compare

1* AMD Zen2 7542 *2

64

2.9

100%

1* INTEL 9242 *2

96

2.2

132%

1* INTEL 2680v4 *2

28

8.9

33%

15* INTEL 2680v3 *2

360

1.2

158%

20* INTEL 2690v2 *2

400

0.75

387%



Gromacs模拟测试

注:GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。




测试项目:碳纳米管与细胞膜相互作用 (150544个原子)

软件版本:Gromacs 2016.6(编译器:INTEL 2018编译优化二进制版)  

测试设施:LZ高性能计算实验室       

测试者:LZ技术小组

测试结果:

Node*CPU*Solt

Core

AVX

ns/day↑

Compare

1* AMD Zen2 7542 *2

64

AVX2

28.82

100%

1* INTEL 9242 *2

96

AVX2

39.41

137%

4* INTEL 2680v3 *2 (FDR)

96

AVX2

26.80

93%

1* INTEL 6140 *4

72

AVX2

19.13

66%

1* INTEL 6248 *2

40

AVX512

11.94

41%

2* INTEL 6248 *2 (OPA)

80

AVX2

16.26

56%

2* INTEL 6248 *2 (OPA)

80

AVX512

17.77

62%

4* INTEL 6248 *2 (OPA)

160

AVX512

39.14

136%



任何INTEL XEON方案以及AMDEPYC方案,均可以找我们交流。




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